Устойчивая бактерия синтезирует фермент, способный переводить антибиотик в неактивную форму. Из таких ферментов наиболее важны следующие.
1. Пептидазы, гидролизующие пептидные связи, -в частности (3-лактамазы, размыкающие (3-лактамное кольцо пенициллина и цефалоспорина. Не все (3-лактамазы, образуемые различными устойчивыми штаммами, идентичны. Например, р-лактамаза стафилококков не активна в отношении цефалоспоринов, тогда как (3-лактамазы Е. coli инактивируют их.
2. Ацетилтрансферазы, инактивирующие антибиотики в результате переноса ацетильной группы от донора к функциональной группе антибиотика. Примером может служить превращение хлорамфеникола в ацетил- или диацетилхлорамфёникол.
4. Фосфотрансферазы, инактивирующие антибиотики путем включения в них фосфатной группы. Такой модификации, например, подвергается стрептомицин.
5. Аденилтрансферазы, инактивирующие антибиотки путем переноса к нему остатка адениловой кислоты.
Инактивирующие ферменты могут быть как конститутивными, так и индуцированными антибиотиком. Во втором случае клетки, содержащие ген устойчивости, обладают контрольным механизмом, позволяющим не синтезировать фермент (например, (3-лактамазу), когда в нем нет необходимости (например, в отсутствие антибиотика). В присутствии антибиотика включается механизм индукции и клетка синтезирует инактнвирующий фермент. Заметим, что антибиотик не является причиной устойчивости, а только индуцирует экспрессию генов устойчивости., имеющихся в клетке.